净水机的反渗透技术具有特殊的功能得到了广泛的应用。反渗透净水机清洗的问题也许会使很多技术不到家的用蒙受经济损失，如果做好反渗透净水机的管理，就能避免发生更严重的问题。
在机器正常运行的情况下，反渗透膜也会被胶体、无机物垢、金属氧化物、微生物等污染，污染物沉积于膜的表面上会造成净水机反渗透装置的脱盐率下
在一般情况下3～12个月需清洁一次（视当地水质状况），要是清洗比较频繁达到每月清洗一次，则要该改善水源的预处理系统，调整运行的参数。清洗频率达到1-3个月一次，则应该提高反渗透设备运行的水平，应该考虑改进预处理系统。
反渗透设备要定期进行低压力、低ｐＨ值、大流量的冲洗，这样有利于清除附在反渗透膜表面的污渍，维持反渗透膜性能，当反渗透净水机的进水SDI突然超过5.5以上的时候，应该行低压冲洗，等到SDI值反回到标准值后再打开机器。
生产时间的波动，会使反渗透净水机反复的运行停止，停用的时候有必要采取适当的保护措施，如果处理当将会导致反渗透膜性能的下降，这是不可恢复的。
较短时间的保存比较适合于停运15天以下的设备，需每1～3天用低压冲洗的方式来保护反渗透净水机。经过实践，发现水温在20度以上的时候，反渗透净水机中的水存放3ｄ就会变质发臭，会产生细菌并且繁殖。所以，在水温高于20度的时候，每天或隔一天用低压冲洗清洁一次，当水温低于20度的时候，每3天用低压冲洗清洁一次，在每次冲洗完成后，要关闭反渗透净水机上所有的进出口阀门。
停运15天以上的系统需要使用长期停用保护，必须用保护液（杀菌剂）灌进反渗透净水机进行保护。常用的杀菌剂配方异噻唑啉酮20ｍｇ/Ｌ、（复合膜）为甲醛10（质量分数）、亚硫酸氢钠1（质量分数）。
