在反渗透设备进行海水淡化操作时，往往需要在水中加入阻垢剂与杀菌技术来阻止膜出现结垢现象并将水中的细菌去除。添加进反渗透纯水设备中的阻垢剂必须要保证能够与絮凝剂相溶，否则会出现反渗透膜堵塞的现象。而且所添加的药量一定要适当，否则很容易造成反渗透膜的污染。
      添加阻垢剂的时间一般是在反渗透设备的预处理阶段，可以有效的将水质中容易结垢的物质以及大颗粒的杂质进行处理，从而使原水水质达到反渗透纯水设备的进水水质标准，以避免在反渗透膜上出现结垢的现象。使用阻垢剂可以有效的控制无机物的结垢现象，可以有效的抑制硅得沉淀，而且阻垢剂易于溶解而且具有很好的稳定性，不会与铁铝氧化物形成不容物。
      在反渗透设备的预处理设备中有专门投入阻垢剂的加药箱，会定时定量的向原水中添加，加药量与反渗透纯水设备的流量成正比。加入了反渗透阻垢剂之后可以有效的减轻反渗透设备的压力，保证反渗透设备的正常运行，并且保证反渗透膜的使用寿命。
      在经过了反渗透设备的脱盐处理之后，就需要进行杀菌操作了，一般情况下，我们所喝的饮用水都是经过了紫外线杀菌处理的，小容量的用水一般是通过二氧化碳以及臭氧来达到杀菌的目的，在工业生产中对水进行杀菌一般采用氯气以及次氯酸钠来进行，也可能会使用二氧化氯和臭氧来进行杀菌。外购的氯气通常是用钢瓶贮存，用加氯机投加，电解食盐得到的是次氯酸钠，不需要专用投加设备，也可以送入到被处理的水质当中。 多余的臭氧可以使用活性炭来进行置换反应吸收处理，在使用氯酸钠的时候要谨慎小心，因为有爆炸的危险。
      在反渗透设备的水处理工艺中，除了需要对脱盐后的水进行杀菌操作外，还需要在反渗透纯水设备停用时对设备进行杀菌操作，通常在停机48小时内可以使用原水进行冲洗操作，超过了48小时的设备需要采用专用的杀菌剂来进行杀菌操作。