由于反渗透设备的优越性，使其应用更加的广泛。为了避免用户遭受损失，在使用反渗透设备一段时间后要对设备进行清洗，这样就可以避免严重问题的出现。
①低压冲洗反渗透设备
当设备使用过一段时间后，定期对反渗透设备进行大流量、低压力、低ｐＨ值的冲洗，有助于对附着在膜表面的污垢的清除，从而维持膜性能，或当反渗透设备进水，SDI突然升高并超过5.5时，应进行低压冲洗，待SDI值合格后，再开机。
②反渗透设备停运保护
由于生产的波动，反渗透设备不可避免的要经常停运，短期或者长期的停止使用时，必须要采取保护措施，不适当的处理会使得膜性能下降并且不可以再恢复。
若是15D以下的系统短期停运，可采用每1～3ｄ低压冲洗的方法来保护反渗透设备。实验证明，水温20℃以上时，反渗透设备中的水存放3ｄ就会发臭变质，有大量细菌繁殖。因此，建议水温高于20℃时，每2ｄ或1ｄ低压冲洗一次，水温低于20℃时，可以每3ｄ低压冲洗一次，每冲洗完后需关闭净水设备反渗透装置上所有进出口阀门。
长期停用保护适用于停运15ｄ以上的系统，这时必须用保护液（杀菌剂）充入净水设备反渗透装置进行保护
③.反渗透膜化学清洗
在正常运行条件下，反渗透膜也可能被无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上会引起净水设备反渗透装置出力下降或脱盐率下降、压差升高，甚至对膜造成不可恢复的损伤，因此，为了恢复良好的透水和除盐性能，需要对膜进行化学清洗。
反渗透设备一般3～12个月清洗一次，倘若每个月不得不清洗一次，这说明应该改善的预处理系统，需要对运行参数进行调整。如果1～3个月需要清洗一次，则需要提高设备的运行水平，而预处理系统则不一定需要改进。
定期对反渗透设备进行清洗，能保证膜性能不会被破坏，继续保持反渗透设备的优越性。
