在国外购买超纯水处理设备时，厂商会随机附送安装及操作、维护手册，民众仅需依照手册上所说明的事项操作即可。而认证单位(在美国是国家卫生基金会，NSF)会依照净水设备种类及其相关文件进行测试，合于标准的净水设备 才给予认证。在国内则应以通过中国国家标准方法(CNS)的认证才是好的净水设备，且民众应找具有完善操作及维护手册及良好售后服务的净水设备厂商购买净水设备。
每一种超纯水处理设备均非万能，购买前应先了解超纯水处理设备功能与当地自来水的水质状况，以免浪费金钱而又得不到预期的效果。例如某些水质并不适用于逆渗透法，在水中含氯或铁过高，可能会造成薄膜受损。又如果水中含铁过高，则会损及紫外线杀菌(UV)净水设备的效果。此外，使用净水设备时进水温度应避免过高，许多净水设备或滤心在温度高时，处理效果变差，材料也会受损并减少使用寿命。在新使用的滤心型净水设备或净水单元时(包括活性碳净水设备及阳离子交换树脂软水器)应先使用清水浸泡过至少15分钟以上，或以清水冲洗，以去除滤心中之杂质。以逆渗透净水系统而言，前置活性碳滤心及逆渗透膜各约需使用20公升左右的水冲洗，以去除碳粒及逆渗透膜保存液。
超纯水处理设备滤心的更换频率，通常可由厂商提供的操作维护手册中得知，但必须注意通常厂商所用的水质条件及产水量是在标准的状况下。使用者必须注意当地的水质状况及每天用水量是否与厂商资料不同，如果原水中污染物浓度愈高，用水量愈大，则更换滤心换频率应愈高。使用者必须特别注意，即使滤心更换时间未到，但清水水质明显变化、口感变差或系统的产水量降低，则必须检查可能造成的原因，例如管线连接不当、管线或滤心破裂，必要时必须更换管线或滤心。此外，逆渗透净水设备前置粒状物滤心更换时机除操作说明书上机外，若由肉眼判断滤心已严重变成土黄色时，应考虑更换。
一般而言，自来水水质较硬的地区(如南部地区)其清洗频率要比软水地区为高。部分厂牌的蒸馏水机有使用前置或后置活性碳滤心，此部分滤心也有一定使用寿命，必须参考使用说明定期更换。为减少吸入过多水中挥发性气体，操作蒸馏水机时在煮沸过程中，尽量避免接近机器的废气孔，在用一般开饮机或电热水瓶，甚至于烧开水时，也必须注意这一点。
比较复杂的超纯水处理设备，例如逆渗透净水设备系统，可委托厂商三个月至半年维护一次，自行维修或更换滤心耗材时，在拆下管线或零件时，可先在管线或零件上作记号，以保证重新连接时可以接到正确位置。新逆渗透系统机器或刚更换滤心的机器，应打开水龙头，使水流出并排放掉一段时间，避免污染物进入储水桶。自行更换滤心时，必须注意取出滤心后，放置滤心的桶也必须清洗，以免泥砂的累积。滤心装回去时，必须注意检查是否有漏水。
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